Tutoriales sobre rsync en español.
https://www.atareao.es/software-linux/sincronizacion-a-fondo-con-rsync/
https://www.linuxtotal.com.mx/index.php?cont=rsync-manual-de-uso
Toda la información y opciones de rsync son aplicables a su versión para cygwin.
El problema surge cuando se usa cygwin en windows para realizar copias de seguridad.
Al usar las opciones típicas (-avh, --delete ,...) de rsync te puede pasar que los permisos de los ficheros copiados sean un caos. No te dejan ver el contenido de los ficheros, ni entrar en los directorios,.. y cuando quieres cambiar los permisos de los ficheros o cambiar el propietario resulta que windows te dice que tururú (aún accediendo como administrador) y no puedes recuperarlos.
Solución:
Al efectuar las copias debes de poner las opciones --no-p y --chmod=ugo=rwX para que rsync no haga caso de los permisos de los ficheros originales y los copie con los permisos de lectura, escritura y ejecución para todos.
Ejemplo:
rsync -avhP --no-p --chmod=ugo=rwX --delete /cygdrive/z/ORIGEN/ /home/usuario/CS/DESTINO